1.甲公司（系房地产开发公司）开发一个房地产项目，该项目主要是住宅楼的开发，开发过程中发生下列事项：
（1）由于逾期开发，向相关部门缴纳土地闲置费200万元。
（2）为进行该项目开发，甲公司向银行借入款项1000万元，至项目完工时发生利息100万元，公司将利息计入开发成本核算。
（3）2017年9月30日，该房地产开发项目竣工验收合格。截至2018年2月28日，该项目建筑面积的70％已对外销售，剩余部分均已经出租，税务机关要求甲公司进行土地增值税清算。
（4）项目竣工前，甲公司从应付施工企业工程款中预留部分资金作为工程质量保证金，项目竣工验收合格后，将质量保证金返还给了施工企业，施工企业没有向甲公司开具发票。
1、根据甲公司的上述业务，请从专业角度对土地增值税清算的影响提出分析意见。