人类是奈瑟菌属细菌的自然宿主，对人致病的只有脑膜炎奈瑟菌和淋病奈瑟菌。除淋病奈瑟菌寄居于泌尿生殖道黏膜外，其他奈瑟菌均存在于鼻咽腔黏膜。